ساختار سازماني شركت مهندسي سطاکو شامل بخشهاي اصلي ستاد پروژه، معاونتهاي مختلف فنیی، برنامه ريزي، اجرايي و مالي-اداري، و مشاورين ، مديريت بازار كه همگي زير نظر مدير عامل و در راس مدير عامل هييت مديره قرار دارد ، مي‌باشد .

بخش ستاد پروژه متشكل از مديران پروژه و عوامل كمكي ميباشد .

معاونت برنامه ريزي متشكل از گروههاي برنامه ريزي، بررسيهاي اقتصادي، سيستمهاي اطلاعاتي، پشتيباني اطلاعات، توسعه سازمان است .

معاونت فني متشكل از گروههاي طراحي (شامل : فرايند- مكانيك – ساختمان- برق – اتوماسيون – تحقيق و توسعه) مي‌باشد .

 معاونت اجرايي شامل :پيمانكاران، براورد و مناقصه ها، كنترل پروژه اجرا، بازرسي فني و كالا،نظارت بر اجرا، نظارت بر ساخت، نقشه برداري ميباشد .

معاونت مالي- اداري از گروههاي اداري، مالي، قراردادها و كارپردازي تشكيل شده است